2018年年底，海州区辖江苏省云台、岗埠2个农场，浦南、新坝、锦屏、板浦4个镇，花果山、云台、南城、新东、新浦、浦西、路南、新南、新海、海州、幸福路、朐阳、洪门、宁海、郁洲15个街道，海州经济开发区、锦屏林场、南云台林场 。海州区所辖的镇、街道和经济开发区，共下辖95个行政村、116个社区 。辖区内花果山景区由市直管，云台街道、南云台林场由花果山景区管理；花果山街道、南城街道、郁洲街道由高新区管委会管理；云台农场亦由高新区管理 。花果山街道的大浦、昌浦、宋艞3个社区隶属连云区，由花果山街道代管 。全区共有16个行政村、16社区由花果山景区和高新区管委会管理 。
2021年全区行政面积701平方公里，下辖4个镇、14个街道、1个国家级高新区和岗埠农场、云台农场2个国有农场，常住人口91.8万，其中海州区88.85万人（含高新区17.1万人），花果山景区2.95万人 。
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